Kehidupan bagi orang Yahudi di Timur Tengah menjadi semakin sulit setelah proklamasi kemerdekaan Israel pada 1948 –yang segera diikuti konflik dengan negara-negara Arab di sekitarnya. Di Mesir, etnis Yahudi berulang kali diserang. Beberapa orang terbunuh.
Situasi ini memicu gelombang pertama orang Yahudi di Mesir yang meninggalkan tanah air mereka untuk bermigrasi ke Israel.
Gelombang kedua emigrasi dimulai saat terjadi Krisis Suez pada 1956, yang memicu serangan baru terhadap warga Yahudi. Pada akhirnya, sebagian besar orang Yahudi yang tersisa melarikan diri dari negara itu setelah Perang Enam Hari pada 1967.
Selama masa perang, militer Mesir menangkap sejumlah besar pria Yahudi yang diberi dua pilihan: Pergi dengan keluarga mereka, atau dideportasi ke kamp-kamp interniran.
Meskipun Mesir dan Israel menandatangani perjanjian damai pada musim semi 1979, langkah itu tidak banyak berpengaruh di masyarakat Mesir, sehingga membuat situasinya sangat sulit bagi beberapa orang Yahudi yang masih tinggal di sana.
Sinagoga dengan cepat hancur ketika orang-orang Yahudi di Mesir melarikan diri ke negara baru Israel. Angin dan cuaca memperburuk kondisi bangunan. Akhirnya gedung itu ditutup untuk umum.