Salah satu catatan kelam Haspel adalah penyiksaan tahanan teroris di penjara rahasia CIA di Thailand. Di bawah arahannya, dua tahanan Al Qaeda yakni Abu Zubaydah dan Abdul Rahim Al Nashiri menjalani interogasi dengan teknik water-boarded, yakni kepalanya ditutup lalu disiram atau direndam di air.
Namun, kepada Senat AS, Haspel berjanji tidak akan pernah lagi menggunakan teknik itu dalam menginterogasi tahanan.
Dia juga menolak bahwa metode yang digunakan CIA selama ini tak bermoral. Dalam suratnya kepada anggota parlemen, Haspel mengatakan kekerasan bukan satu-satunya cara yang harus dilakukan CIA.