Saat muda Al Qaradawi juga bergabung dengan organisasi Ikhwanul Muslimin, kelompok terlarang di Mesir dan negara-negara Arab. Organisasi ini dipandang sebagai ancaman oleh para pemimpin Arab otokratis sejak didirikan pada 1928 oleh Hasan Al Banna.
Dia menolak tawaran untuk memimpin organisasi itu dan memilih fokus menyampaikan ceramah.
Salah satu penampilannya yang menonjol adalah setelah penggulingan Presiden Hosni Mubarak. Saat itu dia tampil di Tahrir Square, Kairo, menyampaikan orasi kepada ratusan ribu pendukung. Dia mengatakan rasa takut telah dicabut dari warga Mesir yang telah menggulingkan firaun modern.
Sejak penggulingan Mubarak, Ikhwanul Muslimin merasakan kebebasan sesaat serta memilih Mohamed Mursi sebagai presiden pada 2012. Setahun kemudian militer Mesir menggulingkan Mursi. Al Qaradawi pun mengecam keras tindakan keras militer terhadap kepemimpinan Ikhwanul Muslimin yang sah, dipilih berdasarkan pemilu yang demokratis.
Dia juga menyerukan pemboikot pemilu 2014 yang mengantarkan panglima angkatan bersenjata Mesir Abdel Fattah Al Sisi menjadi presiden.