"Banyak bagian di Galmudug berada di bawah al Shabaab. Komandan SNA menghancurkan Kota Guriceel dan membantai ASWJ yang terkenal melenyapkan Al Shaabab," katanya pada Sabtu.
Para analis mengatakan bentrokan ini berisiko mengalihkan perhatian kedua kelompok dari pertempuran mereka melawan Al Shabaab.
"Eskalasi perselisihan antara ASWJ dan pemerintah mengalihkan perhatian terhadap pemilihan umum dan perjuangan melawan Al-Shabaab," kata analis Somalia di think-tank International Crisis Group, Omar Mahmood.
Baik tentara maupun ASWJ tidak dapat dihubungi untuk dimintai komentar.
ASWJ merupakan kelompok Muslim Sufi moderat yang telah memainkan peran kunci dalam perang melawan pemberontakan al Shabaab yang terkait dengan al Qaeda.
Namun ketegangan antara kelompok bersenjata dan pemerintah federal telah meningkat selama bertahun-tahun. ASWJ menuduh pemerintah tidak berbuat banyak untuk memerangi Al Shabaab, sementara pemerintah menuduh ASWJ bertindak tanpa izin.
Ketegangan memuncak awal bulan ini, ketika pasukan federal meluncurkan serangan pendahuluan terhadap ASWJ. Pihak ASWJ menangkis serangan itu.