Lebih dari delapan juta orang diperintahkan untuk meninggalkan rumah mereka pada ketika hujan deras menyebabkan sungai-sungai meluap pada bulan ini.
Wilayah yang paling parah terkena banjir adalah Okayama, Hiroshima, dan Yamaguchi, di wilayah Chugoku. Selain itu lebih dari 4.000 orang yang selamat masih tinggal di tempat penampungan sementara.
"Kami sepenuhnya siap 24 jam sehari untuk mengevakuasi warga," kata pejabat Okayaman, Tadahiko Mizushima, kepada kantor berita AFP.
Foto yang beredar di media menunjukkan, ombak besar menghantam bebatuan di lepas pantai barat daya Tokyo, dan layanan feri dihentikan. Ratusan penerbangan juga dibatalkan selama akhir pekan karena badai mendekati pantai.
Banjir bandang yang terjadi kali ini merupakan bencana cuaca terburuk di Jepang dalam beberapa puluh tahun terkahir. Bencana itu juga diikuti oleh gelombang panas yang belum pernah terjadi sebelumnya, yang kini juga dinyatakan sebagai bencana alam.
Setidaknya 80 orang tewas karena suhu panas, dan lebih dari 22.000 dirawat di rumah sakit akibat serangan panas.