Dia ditangkap oleh militer Indonesia pada 1992, namun tetap memimpin perjuangan dari penjara di Jakarta.
Selama di penjara, dia bertemu dengan perempuan yang kemudian menjadi istri kedua melalui surat.
Setelah Timor Leste memilih kemerdekaan dalam referendum pada 1999, pemerintah Indonesia membebaskan Gusmao hingga dia kembali ke negaranya dan dielu-elukan sebagai pahlawan nasional.