Kabar mengenai kembalinya Zakir ke India dilaporkan salah satu stasiun televisi India yang mengutip sumber dari pemerintah Malaysia. Disebutkan, Zakir akan dideportasi pada Rabu (4/7) malam. Dia meninggalkan India sejak 1 Juli 2016 dan kini tinggal di Malaysia.
Pada November 2016, NIA menuntut Yayasan Penelitian Islam yang berkantor di Mumbai dengan Undang-Undang Aktivitas Pencegahan. LSM Zakir kemudian dinyatakan sebagai organisasi yang melanggar hukum oleh kementerian dalam negeri.
Pada Desember 2017, Interpol menolak permintaan NIA mengeluarkan Red Corner (RCN) terhadap Zakir karena tidak disertai dengan catatan kepolisian yang menunjukkan dia bersalah. Namun NIA mengklarifikasi bahwa hal itu hanya masalah teknis.