Gereja ini merupakan gedung tertua di Jakarta yang masih dipakai untuk tujuan semula seperti saat awal didirikan. Rumah ibadah ini masih memiliki sebagian besar perabot yang sama juga. Gereja ini pernah dipugar pada 1920 dan sekali lagi pada 1978. Bangunan gereja ini dilindungi oleh pemerintah lewat SK Gubernur DKI Jakarta CB/11/1/12/1972
Gereja dibangun dengan fondasi 10.000 batang kayu dolken atau balok bundar. Konstruksi ini berdasarkan rancangan Mr E. Ewout Verhagen dari Rotterdam. Seluruh tembok bangunan terbuat dari batu bata yang direkatkan dengan campuran pasir dan gula tahan panas..
Bangunan berbentuk persegi empat ini punya luas total 24 x 32 meter persegi. Pada bagian belakang, dibangun bangunan tambahan berukuran 6 x 18 meter persegi. Gereja mampu menampung 1.000 jemaat. Sedang luas tanah seluruhnya 6.725 meter persegi.
Gereja Portugis termasuk gereja bangsal (hall church). Gereja ini membentuk satu ruang panjang dengan tiga bagian langit-langit kayu yang sama tingginya dan melengkung seperti setengah tong. Langit-langit itu disangga enam tiang.
Di bagian dalam, beberapa kursi berukiran bagus dan bangku dari kayu hitam atau eboni masih juga dipakai. Dilengkapi meja kayu, kursi-kursi itu dipakai untuk kepentingan rapat gereja. Tak ketinggalan acara sidang pencatatan sipil bagi anggota jemaat yang akan menikah secara gerejawi.