Stasiun Dukuh Atas menyediakan sejumlah fasilitas seperti musala, ruang kesehatan, ruang menyusui hingga vending machine.
Di lantai 3 tempat pemberangkatan, terdapat 2 jalur rel. Satu rel mengarah ke Bekasi dan satu rel lagi ke Cibubur.
Stasiun LRT Dukuh Atas juga memiliki akses transit bagi penumpang yang ingin melanjutkan perjalanan dengan menggunakan MRT, KRL, KA Bandara dan Transjakarta.