Namun, Iran kemudian mengorganisir dan mendukung kelompok-kelompok bersenjata anti-Israel di Lebanon, Yaman, Suriah, dan Irak, dan hubungan antara kedua negara memburuk lagi. Bom tahun 1992 di depan kedutaan besar Israel yang menewaskan 29 orang membuat hubungan kedua negara semakin retak. Selain itu serangan teroris tahun 1994 di gedung Asosiasi Persahabatan Israel-Argentina di Buenos Aires yang menewaskan 85 orang juga pernah terjadi.
Israel mengidentifikasi Hibullah, faksi bersenjata Lebanon yang disponsori oleh Iran, sebagai kekuatan di balik insiden-insiden tersebut.
Isu-isu nuklir dan rudal Iran juga memperdalam konflik antara kedua negara. Mahmoud Ahmadinejad, yang menjadi presiden Iran baru pada tahun 2005, adalah orang yang membuat pernyataan radikal seperti 'Israel harus lenyap dari peta', dan segera setelah pemilihan, pengayaan uranium dilanjutkan. Sebagai tanggapan, Israel melancarkan serangan yang menargetkan program nuklir Iran. Mereka membunuh beberapa ilmuwan nuklir Iran, dan pada tahun 2010.
Sementara itu, perang di Gaza, yang dimulai pada bulan Oktober tahun lalu, telah membawa hubungan antara kedua negara ke titik kritis. Pada tahap awal situasi tersebut, Hizbullah dan pemberontak Houthi Yaman, yang dikenal sebagai proxy Iran, melancarkan serangan drone menargetkan Israel atau menyerang kapal dagang yang melintasi Laut Merah. Namun, pada tanggal 1 April, Israel mengebom konsulat Iran di Damaskus, ibu kota Suriah, dan Iran meluncurkan serangan udara balasan 12 hari kemudian, membawa kedua negara itu di ambang perang.