Stasiun Shelter Matraman memiliki bangunan dua lantai, pada area lantai dasar Stasiun Shelter ini adalah sebagai area pelayanan pengguna dan lantai 1 sebagai area peron tunggu KRL.
Fasilitas yang tersedia di stasiun ini yakni toilet umum, toilet difabel, musala, ruang kesehatan, ruang staf stasiun, dan ruang pelayanan barang tertinggal, serta area pelayanan pengguna.
Sedangkan lantai satu Stasiun Shelter Matraman difungsikan sebagai peron sebagai tempat tunggu naik KRL pada jalur 1 dan jalur 2. Stasiun shelter ini dilengkapi dengan fasilitas tangga manual, eskalator dan lift untuk penungguna prioritas, serta tempat parkir untuk kendaraan bermotor.