Joko Agus Setyono pernah tercatat berkuliah di Universitas Indonesia pada Magister Perencanaan dan Kebijakan Publik pada 2007, namun dia dikeluarkan pada 2011. Joko Agus Setyono lalu berkuliah di Universitas Persada Indonesia YAI pada Magister Manajemen sebagai mahasiswa pindahan dan lulus 2018.
Dia juga pernah berkuliah di Universitas Tanjungpura pada program Doktoral Ilmu Ekonomi, namun mengundurkan diri pada 2019.
Joko Agus Setyono merintis karier sebagai pegawai negeri sipil (PNS) pada 1996 sebagai Auditoriat Utama Keuangan Negara. Dirinya banyak menapaki karier di Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), bahkan telah mendapat penghargaan Satyalancana Karya Satya setelah berkarier selama 10 tahun.
Joko Agus Setyono pernah menduduki jabatan sebagai Kepala Subauditorat DKI Jakarta I BPK Perwakilan Provinsi DKI Jakarta pada 2010, kemudian menjabat Kepala Sekretariat Perwakilan BPK Provinsi Jawa Timur pada 2015, Kepala Perwakilan BPK Provinsi Kepulauan Riau 2017-2018, Kepala Perwakilan BPK Provinsi Kalimantan Barat pada 2018-2020, dan Kepala Sekretariat Perwakilan BPK Provinsi Jawa Timur pada 2020.
Joko Agus Setyono juga pernah menjadi Kepala BPK Provinsi Bali pada Desember 2022, lalu pada 15 Februari 2023 penjabat (Pj) Gubernur DKI Jakarta, Heru Budi Hartono, melantik Joko Agus Setyono sebagai Sekretaris Daerah Provinsi DKI Jakarta.
Sekian informasi dan penjelasan tentang profil dan biodata Joko Agus Setyono yang dihimpun dari berbagai sumber.