Revitalisasi terminal pelabuhan seluas 6.700 meter persegi ini mempunyai beragam fasilitas yang ramah kaum difabel, seperti ramp, lift, eskalator, toilet umum dan toilet disabilitas, tempat parkir luas, kantin/pujasera, sistem gate in pintu masuk dengan sistem e-ticketing, taman, kamera cctv, musala dan ruang tunggu yang luas dan nyaman untuk 800 orang serta layar informasi keberangkatan.
Pelabuhan ini dapat menampung hingga 2.000 orang. Terdapat 2 jenis kapal yang melayani rute perjalanan menuju Kepulauan Seribu, yaitu Kapal Dinas Perhubungan (Dishub) dengan kisaran harga tiket Rp44.000-Rp74.000 dan kapal tradisional dengan harga tiket Rp82.000-Rp150.000.
Terdapat 3 jalur lintasan utama angkutan perairan yang dilayani di Pelabuhan Muara Angke, yakni:
- Lintasan utama jalur pertama, yaitu: Muara Angke - Untung Jawa - Lancang - Tidung
- Lintasan utama jalur kedua, yaitu: Muara Angke - Pari - Pramuka
- Lintasan utama jalur ketiga, yaitu: Muara Angke - Kelapa – Sebira
Sistem tiket penyeberangan elektronik atau e-ticketing tengah dikembangkan untuk memudahkan wisatawan yang ingin berkunjung ke Pulau Seribu. Selain itu masyarakat juga masih dapat membeli tiket secara tunai melalui loket yang tersedia di pelabuhan.