Dukungan terhadap Sutiyoso semakin menguat hingga rencana pembangunan masjid itu diutarakan ke Azyumardi Azra yang saat itu menjabat Rektor UIN Syarif Hidayatullah.
Master plan pembangunan JIC pun dibuat pada 2002. Bahkan, dilakukan Studi Komparasi ke Islamic Centre di Mesir, Iran, Inggris dan Perancis untuk pembangunan JIC tersebut.
Selanjutnya pada April 2004, Badan Pengelola Pusat Pengkajian dan Pengembangan Islam Jakarta (Jakarta Islamic Centre) diangkat/dilantik melalui SK Gubernur KDKI Jakarta No. 651/2004.