Seksi pertama yang diresmikan yaitu jalur sepanjang 6 km dari Batavia menuju Weltevreden (kini wilayah Jakarta Pusat) pada 15 September 1971. Pada waktu yang sama dibuka pula jalur simpang ke Pasar Ikan. Jalur kereta api Jakarta-Bogor pun rampung pada 1973.
NISM membangun Halte Koningsplein sebagai tempat pemberhentian di Weltevreden. Nama Koningsplein disematkan karena halte sederhana ini berada di tepi timur Koningsplein atau Lapangan Raja (saat ini Kawasan Silang Monas) di masa kolonial Belanda. Lokasi halte ini cukup strategis karena dekat dengan kawasan perbelanjaan Noordwijk (kini daerah Juanda) dan Pasar Baru.
NISM kemudian membangun pemberhentian kereta baru di Weltvereden. Stasiun Weltevreden dibuka pada 4 Oktober 1884 dan terletak beberapa ratus meter arah utara dari Halte Koningsplein.
Kehadiran Stasiun Weltevreden otomatis mengganti peranan Halte Koningsplein. Stasiun baru ini memiliki atap besi yang ditopang tiang besi cor dan melayani perjalanan kereta jarak jauh seperti Bandung dan Surabaya.
Pada awal abad ke-20, pemerintah Hindia Belanda berencana memperbaiki kondisi perkeretaapian di Jakarta dan sekitarnya. Akan tetapi hal tersebut menemui rintangan karena pengelolaan kereta api di Jakarta sebagian dilakukan oleh pemerintah dan sebagian lagi dikelola oleh perusahaan swasta.
Sampai tahun 1900, pemerintah melalui perusahaan kereta api negara Staatsspoorwegen (SS) menjalankan kereta api lintas Jakarta-Bekasi-Karawang, Jakarta-Duri-Tangerang serta Duri-Rangkasbitung. Pada tahun 1913 pemerintah mengambil alih jalur kereta api Jakarta-Bogor milik NISM. Lantas SS memulai perbaikan kondisi perkeretaapian di Jakarta dan sekitarnya secara menyeluruh.