Uniknya, arsitektur masjid ini mengandung empat unsur kebudayaan yaitu Jawa, Eropa, China, dan Betawi.
"Kalau dilihat dari atas bangunan memiliki gaya joglo itu arsitek Jawa, lalu uwungan agak melungkung dari atas di genting itu, nah itu asal arsitek dari China. Selanjutnya gaya arsitek dari Eropa terdapat dari empat pilarnya atau tiang-tiang dicor yang sangat kokoh. Yang terakhir itu Betawi dilihat dari unsur jendela dan ukirannya," ujarnya.
Masjid ini sengaja dibangun megah dengan gaya campuran karena Marunda saat itu merupakan kota sekaligus pusat perekonomian. Pada masa Hindia Belanda, masjid ini jadi pusat dakwah yang melahirkan para pejuang dan benteng pertahanan pejuang Jakarta.
Pada tahun 1884, Gunung Krakatau meletus lalu memunculkan tsunami yang menyapu Sunda Kelapa hingga Marunda. Tapi, Masjid Al Alam ini tetap berdiri kokoh meski kawasan di sekitarnya hancur diamuk gelombang pembunuh.
Berdasarkan cerita leluhur, ombak tsunami terbelah saat tiba di Masjid Al Alam sehingga tak merusak bangunannya.
Di kompleks masjid ini juga terdapat makam KH Jamiin bin Abdullah dan sumur dengan air tiga rasa yang sebagian orang percaya bisa menyembuhkan penyakit.