Ketika itu perusahaan kereta api negara atau Staatssporwegen (SS) menyatukan jalur Jakarta-Bekasi milik Bataviaasche Ooster Spoorweg Maatschappij (BOS) yang dibeli pada 1899 dan jalur Jakarta-Bogor milik Nederlansch Indische Spoorweg Maatschappij (NISM) yang akuisisi pada 1913.
Untuk menggantikan stasiun lama Boekitdoeri, baru dibangun Stasiun Manggarai pada 1914. Bahkan arsitek Belanda Ir. J. Van Gendt juga ditugaskan membangun sekolah pendidikan perkeretaapian dan rumah-rumah dinas untuk para pegawai kereta api di sekitar stasiun baru (Manggarai). Empat tahun kemudian Stasiun Manggarai selesai dibangun dan resmi dibuka untuk umum tepatnya pada 1 Mei 1918.
Stasiun ini menjadi titik persimpangan lintas kereta api yang menghubungkan Tanah Abang–Duri, Batavia–Gambir, Meester Cornelis (Jatinegara)–Bekasi, Depok–Bogor, dan jalur cabang menuju eks-Stasiun Meester Cornelis NIS (sekarang Dipo Bukit Duri).
Ada keunikan pada Stasiun Manggarai yang sekarang jadi bangunan cagar budaya, yaitu kanopi kayu di peron lama. Dulu kanopi tersebut pernah ada kembarannya yaitu di Stasiun Kroya karena pembangunan Stasiun Manggarai dan renovasi Stasiun Kroya dilakukan pada periode yang sama.
Sejatinya desain asli kanopi kedua stasiun itu berupa kanopi baja cor yang diimpor langsung dari Eropa. Tetapi karena material baja kanopi tidak tersedia di pabriknya akibat Perang Dunia I (1914-1918), pesanan dibatalkan. Kini kanopi peron hasil desain ‘dadakan’ itu masih berdiri dan terawat baik di tengah modernisasi Stasiun Manggarai.