Pertama, prajurit Denjaka dibekali kursus penanggulangan antiteror aspek laut yang bermaterikan, intelijen, taktik dan teknik anti-teror, dan anti-sabotase. Kemudian ada dasar-dasar spesialisasi komando kelautan dan keparaan lanjutan.
Di tahap awal, mereka akan digembleng fisik dan pikirannya selama kurang lebih 6 bulan. Kemudian, dilanjutkan dengan kursus dengan materi pemeliharaan kecakapan dan peningkatan kemampuan kemahiran kualifikasi Taifib dan Paska.
Di tahap ini prajurit Denjaka turut dibekali pemeliharaan dan peningkatan kemampuan menembak, lari dan berenang, peningkatan kemampuan bela diri, penguasaan taktis dan teknik penetrasi rahasia, darat, laut dan udara, penguasaan taktik dan teknik untuk merebut dan menguasai instalasi di laut, kapal, pelabuhan atau pangkalan dan personel yang disandera.
Terdapat pula materi penguasaan taktik dan teknik operasi klandestin aspek laut, pengetahuan tentang terorisme dan sabotase, penjinakan bahan peledak, dan peningkatan kemampuan survival, pelolosan diri, pengendapan, dan ketahanan interogasi.
Untuk mendukung operasi personel Denjaka dibekali antara lain submachine gun MP5, HK PSG1, Daewoo K7, senapan serbu G36, HK416, M4, Pindad ss-1, CZ-58, senapan mesin ringan Minimi M60, Daewoo K3, serta pistol Beretta, dan HK P30 dan SIG Sauer 9 mm