Lantaran masuk kategori pasukan khusus, tak sembarang prajurit TNI AL yang bisa masuk ke dalam detasemen ini. Pendidikan yang dilalui pun ada beberapa tahap.
Pertama, prajurit Denjaka dibekali kursus penanggulangan antiteror aspek laut yang bermaterikan, intelijen, taktik dan teknik anti-teror, dan anti-sabotase. Kemudian ada dasar-dasar spesialisasi komando kelautan dan keparaan lanjutan.
Di tahap awal, mereka akan digembleng fisik dan pikirannya selama kurang lebih 6 bulan. Kemudian, dilanjutkan dengan kursus dengan materi pemeliharaan kecakapan dan peningkatan kemampuan kemahiran kualifikasi Taifib dan Paska.
Di tahap ini prajurit Denjaka turut dibekali pemeliharaan dan peningkatan kemampuan menembak, lari dan berenang, peningkatan kemampuan bela diri, penguasaan taktis dan teknik penetrasi rahasia, darat, laut dan udara, penguasaan taktik dan teknik untuk merebut dan menguasai instalasi di laut, kapal, pelabuhan atau pangkalan dan personel yang disandera.
Terdapat pula materi penguasaan taktik dan teknik operasi klandestin aspek laut, pengetahuan tentang terorisme dan sabotase, penjinakan bahan peledak, dan peningkatan kemampuan survival, pelolosan diri, pengendapan, dan ketahanan interogasi.