Buya Syafii Maarif menjadi Ketua PP Muhammadiyah menggantikan Amien Rais pada 1998. Jabatan ini diembannya hingga tahun 2005.
Selama menjadi Ketua Muhammadiyah, Buya Syafii Maarif menanamkan pemikiran pluralisme, toleransi, kebangsaan, sosial, serta nilai-nilai keislaman.
Buya Syafii Maarif juga diketahui aktif menulis. Beberapa buku karya Buya Syafii Maarif antara lain Dinamika Islam, Islam dan Masalah Kenegaraan, serta Islam, Mengapa Tidak?.
Atas karya-karyanya tersebut, Buya Syafii Maarif dianugerahi penghargaan Ramon Magsaysay dari Pemerintah Filipina pada tahun 2008.
Setelah tidak aktif menjadi Ketum PP Muhammadiyah, Buya Syafii Maarif tetap aktif berpartisipasi dalam perkembangan Muhammadiyah, Islam dan negara Indonesia. Kemudian, guna menguatkan pemikiran-pemikiran pluralisme, toleransi, kebangsaan, keislaman, dan sosial maka didirikanlah lembaga Maarif Institute.
Maarif Institute for Culture and Humanity berdiri di bawah Yayasan Ahmad Syafii Maarif dimana Buya Syafii Maarif menjadi salah satu pendirinya.
Itulah fakta perjalanan karier Buya Syafii Maarif, semoga perjalanan Tokoh Bangsa ini bisa menjadi inspirasi untuk kita.