Laut Sulawesi tercatat memiliki kedalaman sekitar 6,2 km dan berada di bagian barat Samudra Pasifik. Mengutip laman WWF, kawasan ekologi laut Sulawesi menggambarkan zona pertemuan antara populasi di Samudra Hindia dan Samudra Pasifik.
Artinya, flora dan fauna yang terdapat di laut Sulawesi adalah percampuran dari Barat dan Timur Indonesia. WWF juga menyebut bahwa perairan Sulawesi adalah rumah bagi paus sperma dan penyu.
Laut Flores juga masuk dalam jajaran laut terdalam di Indonesia dengan kedalaman mencapai 5,1 km. Laut ini menjadi batas alami yang ada antara Provinsi Sulawesi Selatan dengan Provinsi Nusa Tenggara Barat.
Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan menyebut, Laut Flores terkenal akan sumber daya ikan yang sangat beragam dengan nilai ekonomis tinggi. Contoh jenis ikan yang ada di perairan ini adalah tuna, tongkol, cakalang, kembung, selar, layang, sunu, kakap, dan kerapu. Selain itu, ada pula lobster, kepiting, dan rajungan.