Tak hanya di Candi Borobudur, perayaan Trisuci Waisak di Candi Mendut, Magelang, Jawa Tengah juga dilakukan.Terdapat arak-arakan dari Candi Mendut yang nantinya akan dibawa menuju Candi Borobudur.
Dalam rangkaian acara, peserta perayaan akan mengambil Api Abadi Mrapen yang disemayamkan di Candi Mendut. Selain itu, Air Suci dari Umbul Jumprit juga diambil untuk kemudian disemayamkan di Candi Mendut sebagai salah satu ritual yang dilakukan.
Di malam hari, semua peserta perayaan Hari Waisak berdoa dan bersukacita di Candi Borobudur.
Masih di Pulau Jawa, perayaan Hari Waisak juga dilakukan di Desa Gunung Kelir, Girimulyo, Yogyakarta. Ratusan umat Buddha di Yogyakarta melakukan Kirab Agung Amisa Puja dengan mengenakan pakaian adat Jawa.
Peserta kirab biasanya akan membawa aneka sesajen, kendi yang berisi air suci, bunga, hasil bumi, dan beragam panji menuju Vihara. Tak hanya itu, arca Buddha dalam tandu dan obor dibawa untuk semakin memeriahkan Kirab Agung Amisa Puja.