Dalam operasi penyelamatan, Kemenhub mengerahkan kapal patroli KPLP KN Grantin P.211 dan menyiapkan KN Masalembo. Proses evakuasi juga dibantu sejumlah kapal yang berada di sekitar lokasi, yakni TB Hasnur 26, KM Prakarsa Mas, KM Meratus Pematang Siantar, dan KM Transco Arafura untuk mempercepat penyelamatan korban.
Hingga Minggu pukul 16.00 WIB, sebanyak lima orang tewas akibat insiden itu. Sedangkan 225 orang lainnya selamat.
Berdasarkan data manifestasi, KM Mutiara Sentosa 2 mengangkut 271 orang.