Azyumardi sempat menjalani perawatan intensif di Rumah Sakit Serdang, Selangor, Malaysia. Almarhum mengembuskam napas terakhir pada Minggu (18/9/2022) siang.
Jenazah mendiang Azyumardi diterbangkan dari Kuala lumpur, Malaysia pada Senin (19/9/2022) malam. Sekretaris pribadi keluarga, Vemi Nurbaini menginformasikan jenazah tiba di Bandara Soekarno-Hatta sekitar pukul 21.50 WIB. Setibanya di Tanah Air, jenazah langsung dibawa ke rumah duka sebelum disemayamkan di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Setelah disholatkan di UIN, jenazah direncanakan akan dimakamkan di TMP Kalibata, Kecamatan Pancoran, Jakarta Selatan sekitar pukul 09.00 WIB. Prosesi pemakaman akan dipimpin oleh Menko PMK Muhadjir Effendy.