Selain agama, para pendatang yang memiliki kebudayaan sendiri jika tinggal di Indonesia akan menyebabkan akulturasi dan asimilasi budaya.
Faktor lain penyebab keberagaman agama dan budaya di Indonesia adalah Indonesia yang merupakan sebuah negara kepulauan. Banyak kapal-kapal dagang yang singgah di berbagai pulau di Indonesia. Hal ini membuat penyebaran agama terjadi kepada masyarakat Indonesia di setiap pulau.
Selain itu, adanya jarak yang berbeda antar pulau membuat masyarakat mengembangkan kebiasaan, adat istiadat dan budaya masing-masing berdasarkan kondisi tempat tinggalnya. Hal ini pun menyebabkan adanya perbedaan suku bangsa, bahasa, budaya, sistem kepercayaan, agama, serta peranan laki-laki dan perempuan.
Adanya perbedaan kondisi alam di Indonesia juga menjadi faktor penyebab keberagaman di Indonesia. Misalnya adalah pada mata pencaharian, makanan pokok, pakaian, kesenian, bentuk rumah, hingga kebiasaan suatu masyarakat akan menyesuaikan lingkungan tempat mereka tinggal.
Sifat keterbukaan masyarakat kita dalam menghadapi suatu perubahan atau hal-hal baru juga sangat berpengaruh terhadap keberagaman agama dan budaya di Indonesia. Misalnya adalah sifat keterbukaan Indonesia membuat penyebaran agama lebih mudah diterima. Termasuk juga dalam menerima keberagaman agama itu.
Itulah faktor-faktor penyebab keberagaman agama dan budaya di Indonesia.