Pemerintah juga menerapkan sistem operasional kapal yang lebih cepat di lintasan Merak–Bakauheni. Kapal yang tiba di Pelabuhan Bakauheni tidak akan menunggu lama dan langsung kembali menuju Merak.
Pola operasional tersebut diharapkan dapat mempercepat siklus perjalanan kapal sehingga kapasitas penyeberangan meningkat. Dengan begitu, proses bongkar muat kendaraan dan penumpang dapat berlangsung lebih efektif.
“Kapal-kapal itu tidak akan menunggu di Bakauheni tapi akan langsung kembali jadi flow-nya atau arusnya akan kita umpankan diskon tarif sehingga semua bisa bisa dipercepat alur untuk penyebrangannya,” ujarnya.