Ombak besar diduga membuat kapal mengalami kebocoran. Dari informasi yang dihimpun, sekitar pukul 00.15 WITA pada Kamis (3/7/2025), adanya kode merah operator Pelabuhan Gilimanuk dan salah satu nakhoda kapal lain, terhadap kapal KMP Tunu Pratama Jaya.
KMP Tunu Pratama Jaya meminta tolong dan mengalami kebocoran mesin kapal. Sekitar pukul 00.19 WITA KMP Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami black out alias insiden di tengah laut.
Selanjutnya, pukul 00.22 WITA kapal lain berusaha mengejar dan mengevakuasi KMP Tunu Pratama Jaya. Akan tetapi, posisi kapal sudah terbalik dan hanyut ke arah selatan tepat di titik koordinat -08°09.371' S, 114°25, 1569' T.