Pada saat itu pemerintahan yang dipimpin Megawati Soekarnoputri menilai tidak ada pilihan selain otonomi khusus. Ketegangan kembali terjadi yang menyebabkan Ketua Presidium Dewan Papua meninggal dalam operasi militer. Benny Wenda kemudian terus berusaha memperjuangkan kemerdekaan Papua.
Pada 6 Juni 2002 dia dipenjara dan berhasil kabur pada 27 Oktober 2002 atas bantuan aktivis Kemerdekaan Papua Barat dengan cara diselundupkan melintasi perbatasan ke Papua Nugini. Dia juga dibantu LSM Eropa melarikan diri ke Inggris dan mendapatkan suaka politik. Pada 2003 Benny Wenda bersama istri dan anaknya memilih menetap di Inggris.
Sejak saat itu, dari Inggris Benny Wenda terus mengampanyekan kemerdekaan Papua. Di Indonesia, Benny Wenda juga berhasil membangun aliansi dengan sejumlah tokoh Organisasi Papua Merdeka (OPM) seperti Buchtar Tabuni, Goliath Tabuni dan lainnya.
Benny Wenda membuat kampanye Free West Papua melalui situs internet yang diluncurkan pada 2004 di Oxford, Inggris.Selain di Inggris, Free West Papua juga memiliki markas di Den Haag (Belanda), Port Moresby (Papua Nugini), dan Perth (Australia).