Pada tahun 1972, ayah Iqbal Ramadhan ini menjadi Asisten Menteri Sekretaris Negara Urusan Khusus. Presiden Soeharto kemudian menunjuk Moerdiono menjadi Menteri Sekretaris Negara selama tiga periode yakni Kabinet Pembangunan IV (19 Maret 1983 - 22 Maret 1988) Kabinet Pembangunan V (23 Maret 1988 - 17 Maret 1993) dan Kabinet Pembangunan VI (17 Maret 1993 - 14 Maret 1998).
Sejumlah penghargaan juga diterima Moerdiono dalam masa bhaktinya sebagai abdi negara. Pria yang kerap disapa Pak Moer menerima penghargaan Bintang Yudha Dharma Nararya, Bintang Mahaputera Adipradana dan gelar Doktor Honoris Causa dari Universitas Airlangga Surabaya.
Moerdiono meninggal dunia di RS Gleneagles, Singapura pada 7 Oktober 2011. Dia wafat karena sakit kanker paru-paru.
Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta pada Sabtu 8 Oktober 2011.