Setelah itu, Gus Yahya dan kiai Said Aqil memenuhi syarat menjadi calon Ketua Umum PBNU. Keduanya bersedia maju dalam pemilihan organisasi Islam terbesar di Indonesia.
Sedangkan KH Miftachul Achyar terpilih sebagai Rais Aam PBNU. Pemilihan dilakukan melalui musyawarah yang dipimpin oleh Wakil Presiden, Ma'ruf Amin. Pemilihan itu dilakukan secara tertutup.