Varian Omicron, ternyata berdampak terhadap hasil alat uji tersebut. Pertama pada rapid test antigen. Hal ini merujuk pernyataan dari berbagai organisasi kesehatan seperti WHO, CDC dan FDA di Amerika serta publikasi ilmiah terkini seperti Poudel S dan kawan-kawan, Fere VM dan kawan-kawan pada Desember 2021. Disebutkan juga bahwa kemampuan rapid antigen dalam mendeteksi varian Omicron masih memerlukan penelitian lebih lanjut. Karena metode ini masih bisa mendeteksi adanya infeksi namun akurasinya bisa berkurang.
Sejak awal pandemi, organisasi kesehatan dunia WHO menyarankan alat uji berbasis NAAT yang memiliki target gen lebih dari 1. Mengingat mudahnya virus Covid-19 bermutasi dan menghasilkan varian baru.
Dalam kasus Omicron yang memiliki banyak perubahan pada gen S, penggunaan alat uji NAAT yang hanya menargetkan gen s berpotensi gagal dalam mendeteksi varian Omicron. Sedangkan alat uji NAAT yang menargetkan lebih dari satu gen disamping gen S dapat memunculkan hasil terdeteksi pada gen lainnya namun gagal mendeteksi gen S. Hasil NAAT yang demikianlah yang disebut dengan S Gene Target Failure (SGTF) atau S Gene dropout.
“Penting untuk diingat, tes NAAT yang hasilnya gagal mendeteksi gen S atau SGTF tersebut belum tentu merupakan varian Omicron dan tetap harus dilanjutkan dengan sekuensing atau lebih dikenal dengan WGS,” tegasnya.