SBY juga menceritakan peristiwa yang tidak terlupakan saat bertempur di Timor Timur. Saat itu, dirinya menyaksikan seorang anak yang kehilangan ibunya akibat terkena peluru nyasar.
"Nah ketika kami harus melanjutkan gerakan ke depan, saya menjumpai seorang anak laki-laki berusia sekitar 5 tahun sedang menangis memeluk ibunya yang tertembak karena peluru nyasar. Meski bocah itu tidak mengerti apa arti perang apalagi politik tapi kesedihan begitu memuncak. Ketika beberapa menit yang lalu dia masih bercanda dan berada dalam pelukan yang amat disayanginya tiba-tiba dia harus menerima musibah yang amat berat tersebut. Peristiwa yang akan mengubah masa depan dan kehidupan anak itu selamanya,” tuturnya.
"Itu lah sisi lain peperangan. Kalau militer memang disumpah dan dilatih untuk mengemban tugas negara. Mereka tahu dan siap untuk mengorbankan jiwa dan raganya tetapi tentu bukan penduduk sipil yang sering disebut dengan non-kombatan bahkan sering disebut pula sebagai the innocent people," tutur SBY.
Kemampuan SBY dalam memimpin pasukan diakui mantan Panglima TNI Jenderal (Purn) Endriartono Sutarto. Melalui buku biografinya “Endriartono Sutarto: Prajurit Profesional yang Humanis” diceritakan bagaimana kedua pasukan pernah bersama-sama berperang di palagan Timor Timur.
”Kami pernah melaksanakan kegiatan patroli terkoordinasi dengan pasukan yang dipimpin Lettu Infanteri Susilo Bambang Yudhoyono dengan rute saling menutup. Beberapa kali kontak tembak terjadi peleton SBY dan pasukannya dengan musuh tapi perlawanan musuh tidak pernah lama. Musuh langsung mundur dan menghilang,” tulis Endriartono Sutarto.