Semua bupati dijadikan pegawai negeri dan digaji. Pada masa ini bupati dijadikan sebagai alat kekuasaan pemerintah kolonial. Belanda maupun Inggris melakukan intervensi terhadap kerajaan. Alhasil, elit kerajaan tak lagi leluasa di bidang politik.
Melansir dari buku ‘Sejarah 2‘ terbitan Yusdhistira Ghalia Indonesia, pada tahun 1321 Imam Odorico de Pordenone berkunjung ke pelabuhan di Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Setelah Portugis datang ke Indonesia, agama Kristen semakin meluas sampai di kepulauan Maluku yang dibawa oleh negara Spanyol dan Portugis.
Tokoh yang aktif menyebar agama Katolik yaitu Fransiskus Xaverius. Sedangkan Belanda fokus menyebarkan agama Kristen Protestan secara intensif oleh para misionaris khusus. Gereja Protestan pertama berada di Semarang.