Dalam rekam jejaknya, Azahari terlibat ledakan bom termos saat konflik di Poso, Sulawesi Tengah, pada 2005 serta bom di Hotel JW Marriott dan Ritz-Carlton pada 17 Juli 2009. Catatan NII Crisis Center, Upik juga diduga kuat terlibat aksi bom bunuh diri yang dilakukan Ahmad Yosepa Hayat di Gereja GBIS Kepunton, Solo, Jawa Tengah, pada 25 September 2011.
Upik merupakan tersangka kasus Tentena, pembunuhan tiga siswi, pembunuhan pendeta, dan kerusuhan agama di Loki (Ambon).