Kemudian, pada 2021, dia ditunjuk menjadi Kapolda Nusa Tenggara Timur. Setahun berselang, Irjen Setyo menjabat sebagai Kapolda Sulawesi Utara. Setelah itu, dia menerima amanah sebagai Pati Itwasum Polri. Sejak 22 Maret 2024, sosoknya mengemban amanat sebagai Inspektur Jenderal Kementerian Pertanian RI.
Kegigihan dan pengalamannya dalam pemberantasan korupsi membuat Mentan Amran kepincut pada sosok Komjen Setyo. Diketahui, sejak Andi Amran terpilih sebagai Mentan, salah satu program prioritasnya adalah membersihkan kementerian yang dipimpinnya dari aroma KKN.
Ini terbukti dari beberapa gebrakan Mentan Amran bersama Irjen Kementan Setyo yang bahu-membahu menggelar aksi 'bersih-bersih’ di tubuh Kementerian Pertanian.
Berikut nama-nama Pimpinan KPK periode 2024-2029:
- Ketua KPK: Setyo Budiyanto
- Wakil Ketua: Fitro Rochyanto, Ibnu Basuki Widodo, Johanis Tanak dan Agus Jogo Pramono.
- Dewan Pengawas (Dewas) KPK: Wisnu Baroto, Benny Mamoto, Gusrizal, Sumpeno, dan Chisca Mirawati.