Setelah peranannya sebagai Menteri Kehakiman dan HAM, Mahfud MD menjadi anggota DPR RI dari tahun 2004 hingga 2008. Selama masa tersebut, ia duduk sebagai anggota Komisi III dan Wakil Ketua Badan Legislatif.
Ia juga menjadi anggota Tim Konsultan Pakar pada Badan Pembinaan Hukum Nasional (BPHN) Depkum-HAM Indonesia.
Selama menjabat di DPR, Mahfud MD berasal dari Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), dan itulah saat pertama kali ia bertemu dengan Ganjar Pranowo.
Pada tanggal 22 Agustus 2011, Mahfud MD dilantik sebagai Ketua Mahkamah Konstitusi (MK) untuk periode 2008-2013.
Selama masa jabatannya, ia fokus pada penerapan keadilan substantif dan mencapai prestasi terkemuka dalam mengungkap kasus kriminalisasi di KPK, terkait kasus Bibit Samat Rianto dan Chandra Hamzah.