Setelah berhasil mengumpulkan cukup uang dan mendapatkan paspor, Imam Samudra dan Jabir berangkat menuju Dumai. Mereka lantas naik kapal feri ke Malaysia.
Sehari setelahnya mereka naik pesawat menuju Karachi, Pakistan. Dari Karachi mereka menuju Peshwar. Dua orang arab yang belum pernah mereka kenal sebelumnya bergabung, lalu pergi ke perbatasan Pakistan-Afghanistan.
Imam Samudra menceritakan untuk melintasi perbatasan, mereka berjalan kaki selama empat jam menuju kamp latihan yang dikenal dengan sebutan “Muaskar Khalifah” di Provinsi Khost.
Ali Imron, juga terpidana Bom Bali I, dalam bukunya, ‘Ali Imron Sang Pengebom’ mengisahkan mereka sempat berada di Akademi Militer Mujahidin Afganistan, Sadda Parachinar, Pakistan. Dari tempat pelatihan perang ini mereka berlatih taktik perang dan membuat bom.
Surat kabar berpengaruh Australia, Sidney Morning Herald, menyebut Imam Samudra setidaknya menghabiskan waktu dua tahun di Afghanistan. Dari negara itu, dia kembali ke Malaysia dan tinggal beberapa tahun di sana.