Kabar wafatnya Habib Musthofa tersiar melalui video, Hassan Jafar Umar Assegaf yang merupakan kerabat almarhum. Dia juga menyampaikan almarhum akan dimakamkan di sebelah ibundanya, Syarifah Fatma binti Hasan Al Athos di Masjid Nurul Musthofa.
"Innalilahi rojiun, telah kembali ke rahmatullah Alhabibul Mahbub Musthofa Bin Jafar Assegaf pada ini malam 1 Syahban 1442 H," katanya.