Keberagaman antargolongan selanjutnya adalah agama. Agama merupakan suatu sistem yang mengatur tata keimanan (kepercayaan) dan peribadatan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa, serta tata kaidah yang berhubungan dengan pergaulan manusia dan manusia, serta manusia dengan lingkungannya.
Sama halnya dengan ras, agama di Indonesia menjadi beragam karena pengaruh pedagang-pedagang dari negara lain yang datang ke Indonesia. Adapun agama-agama yang ada di Indonesia di antaranya sebagai berikut.
Islam
Agama Islam disebarkan oleh pedagang dari Arab dan Gujarat. Islam merupakan agama mayoritas di Indonesia. Pemeluk agama Islam banyak tersebar di Pulau Jawa dan Sumatera.
Kristen
Agama Kristen banyak berkembang di Indonesia pada masa penjajahan Belanda. Agama ini banyak tersebar di Ambon, Papua, Papua Barat, dan Manado.
Katolik
Kedatangan bangsa Portugis ke maluku menjadi awal masuknya agama Katolik di Indonesia. Bangsa Portugis tidak hanya menyebarkan agama Katolik di Maluku, tetapi juga ke Flores dan Timor, serta beberapa daerah lainnya di Indonesia.
Hindu
Agama Hindu dibawa oleh pedagang dari India yang datang ke Indonesia. Agama ini tersebar di seluruh daerah di Indonesia, namun mayoritas pemeluknya adalah di Pulau Bali.