Ponpes Al Zaytun saat ini tercatat memiliki keduanya, baik nomor statistik maupun tanda daftar. Sebagai pihak yang menerbitkan, Ditjen Pendidikan Islam juga memiliki kewenangan untuk membekukan nomor statistik dan tanda daftar pesantren.
"Sebagai regulator, Kemenag memiliki kuasa administratif untuk membatasi ruang gerak lembaga yang di dalamnya diduga melakukan pelanggaran hukum berat,”ujar Anna Hasbie.
Dengan demikian, berkenaan dengan dinamika yang berkembang seputar Pesantren Al Zaytun, pihaknya beserta instansi terkait dan juga ormas Islam sedang melakukan kajian secara komprehensif.
Tujuannya, agar dapat dirumuskan sikap atas beragam informasi dan fakta yang ditemukan dan terklarifikasi terkait Al Zaytun.