Sebelumnya, Azyumardi mengembuskan napas terakhir di Rumah Sakit Serdang, Selangor, Malaysia pada Minggu (18/9/2022) pukul 12.30 waktu setempat. Kemudian pada Senin (19/9/2022) sekitar pukul 23.55 WIB, jenazah Azyumardi tiba di rumah duka di Ciputat Timur, Tangerang Selatan setelah diberangkatkan dari Malaysia pada pukul 20.45 waktu setempat melalui Bandara Internasional Kuala Lumpur Malaysia.
Prof Azyumardi Azra dimakamkan di Taman Makam Pahlawan (TMP) Kalibata, Jakarta setelah dilakukan salat terlebih dahulu disholatkan di Auditorium Harun Nasution UIN Jakarta, Selasa (20/9/2022) pagi.