Mulanya, kapal ini didatangkan karena meningkatnya ketegangan dengan Belanda soal status Papua. Pada 7 September 1959, dua kapal selam tiba di Surabaya dari Polandia dan salah satunya diberi nama Nanggala.
Nama Nanggala dipilih karena memiliki arti senjata tanpa gading yang dimiliki Prabu Baladewa yang juga kakak Kresna. Setelah itu, datang 4 kapal lagi untuk memenuhi kebutuhan kapal selam di Indonesia.
Pada hari kejadian hilangnya kapal selam Nanggala 402, kapal tersebut diketahui tengah mengikuti latihan penembakan torpedo. Kapal diketahui izin menyelam pada pukul 03.00 WIB. Kemudian, secara tiba-tiba kapal tidak merespons ketika diizinkan untuk melakukan latihan sehingga kontak terakhir tercatat pada pukul 04.30 WIB
Saat itu, awak kapal selam Nanggala-402 berjumlah 53 orang. Awak tersebut terdiri atas 49 anak buah kapal (ABK), 1 komandan satuan, dan 3 personel Artileri Senjata Angkatan Laut.
TNI langsung menetapkan status dari mencari (sublook) menjadi hilang (submiss). Terakhir, kapal dinyatakan tenggelam (subsunk atau submarine sunk) berdasarkan bukti yang ditemukan.
Kini, kapal selam Nanggala 402 pun berstatus on eternal patrol. Istilah tersebut digunakan kepada kapal selam yang hilang dan tak berhasil kembali ke pelabuhan. Selamat bertugas dalam keabadian para prajurit!