Sunan Ampel kemudian mengganti namanya menjadi Raden Paku, sesuai wasiat ayahnya. Sejak saat itu, Raden Paku dibimbing secara khusus dalam berbagai cabang keilmuan Islam, mulai dari fikih, tauhid hingga tafsir.
Setelah menyelesaikan pendidikannya, Raden Paku kembali ke Gresik dan mendirikan Pesantren Giri, yang kemudian dikenal sebagai Giri Kedaton. Pesantren ini bukan hanya pusat pendidikan Islam, tetapi juga markas dakwah dan diplomasi budaya yang menjangkau wilayah luas seperti Kalimantan, Sulawesi hingga Nusa Tenggara.
Sebagai Sunan Giri, Raden Paku dikenal bijaksana dan moderat dalam menyebarkan Islam. Ia memainkan peran penting dalam menyatukan kerajaan Islam di Jawa, dan pesantrennya menjadi tempat para calon pemimpin daerah menimba ilmu agama dan pemerintahan.