Diasuh oleh pamannya yang berprofesi sebagai guru, Ali Moertopo tumbuh dalam nuansa religius. Sewaktu remaja dia biasa menghabiskan kesehariannya di masjid. Pukul empat Subuh dia sudah biasa bangun dan pergi ke masjid, selain mengaji dia juga kerap berdiskusi dengan teman-temannya. Ali Moertopo dikenal supel.
"Sejak remaja dia pandai bergaul, ramah, dan memiliki banyak teman," ujar salah satu adiknya, Ali Moersalam dikutip dari buku 'Ali Moertopo dan Dunia Intelijen Indonesia' yang ditulis M Aref Rahmat.
Di depan para saudaranya, Ali dikenal sangat perhatian. Meski posisinya sebagai pejabat kenamaan mempunyai pengaruh besar, Ali Moerropo tidak pernah menyalahgunakannya. Dia dikenal idealis, nepotisme bukanlah gayanya.
Masa remaja yang dilalui Ali Moertopo sangat kontras dengan kembangan kariernya di kemudian hari. Bahkan cenderung bertolak belakang. Masa remaja, Ali Moertopo tidak pernah memilik angan-angan tergabung dalam kesatuan tentara. Dia bahkan bersikap antipati terhadap militer.
"Sewaktu masih SMP, bila teman orang tua atau paman yang menjadi tentara datang, saya tidak begitu senang. Pada zaman pendudukan Jepang, bila teman-teman lama yang masuk Peta datang ke rumah, rasanya menakutkan. Saya juga tidak pernah ikut latihan militer seperti Seinendan dan Keibodan," ucap Ali Moertopo.
Dalam perkembangannya baru pada awal proklamasi, Ali Moertopo tergerak ikut perjuangan. Rasa tidak nyaman yang sebelumnya ada pada tentara lambat laun ia hilangkan, bahkan kemudian menjadi sangat antusias.