Atikoh kemudian menjadi PNS di Purbalingga, tempat kelahirannya. Dua tahun kemudian, tepatnya pada 14 Desember 2001, Atikoh dan Ganjar dikarunia seorang putra yang diberi nama Muhammad Zinedine Alam Ganjar.
Ketika Ganjar terpilih menjadi anggota DPR, Atikoh kemudian bekerja sebagai PNS di Pemerintah Provinsi DKI Jakarta, sejak masa kepemimpinan Gubernur Fauzi Bowo, Joko Widodo, hingga Basuki Tjahaja Purnama atau Ahok.
Pada tahun 2007, Atikoh yang masih berstatus sebagai PNS mendapat tawaran beasiswa S2 untuk melanjutkan pendidikan Strata 2 di Universitas Tokyo, Jepang, dengan mengambil program studi Kebijakan Publik.
Tawaran itu menimbulkan gejolak di hati Atikoh karena harus meninggalkan Alam, yang masih baru masuk Sekolah Dasar (SD). Dorongan dari Ganjar membuatnya mengambil beasiswa itu dan berkuliah di Jepang selama 2 tahun.
"Kata Mas Ganjar, 'ini kesempatan baik, dan kesempatan belum tentu datang dua kali. Soal Alam enggak usah khawatir, saya bisa jagain, bisa kasih pengertian'. Makanya bersyukur banget punya suami yang sangat mendukung karier istrinya," ujar Atikoh.