Ketika Jepang menduduki Yogyakarta, 5 Maret 1942, untuk melindungi rakyatnya agar terhindar dari kerja paksa Romusha, HB IX memerintahkan pembuatan proyek Selokan Mataram, yang menyambungkan Sungai Progo dan Opak untuk irigasi.
Pembuatan selokan sepanjang 30.879 km melibatkan 1.289.000 orang selama 1943-1944, sehingga rakyat Yogyakarta tidak jadi korban. Proyek ini rupanya sesuai dengan rencana Jepang dalam peningkatan produksi pangan jajahannya.
Saat Jepang menyerah, Indonesia pun memproklamsikan kemerdekaan 17 Agustus 1945. Kemudian HB IX – Paku Alam VIII mengirim surat kawat selamat, 18 Agustus 1945. Tanggal 19, Soekarno memberi piagam penetapan kedudukan Yogyakarta.