Kiai Hasyim juga pernah mengalami perlakuan represif dari pemerintah kolonial Belanda. Pada 1913, intel Belanda mengirim seorang pencuri untuk membuat keonaran di Tebuireng. Pencuri ini kemudian tertangkap dan dihajar oleh para santri hingga tewas.
Tewasnya pencuri ini dimanfaatkan Belanda untuk menangkap Hasyim Asyari dengan tuduhan pembunuhan. Akan tetapi, karena Hasyim Asy'ari memahami dengan baik hukum-hukum Belanda, ia dapat menepis semua tuduhan tersebut dan lepas dari jeratan hukum.
Lalu Belanda mengirimkan beberapa kompi pasukan untuk menghancurkan pesantren Hasyim Asy'ari yang baru berusia 10 tahunan. Bangunan pesantren porak-poranda dan kitab-kitab hancur serta terbakar. Perlakuan Belanda berlangsung sampai 1940.
Meski Kiai Hasyim mengalami beragam kekerasan di dalam penjara, tetapi hal itu tidak menyurutkan sedikit pun semangatnya menegakkan agama Islam.