Sunan Muria menjunjung tinggi toleransi terhadap tradisi Jawa yang sudah ada. Pada zaman itu, masyarakat Jawa sangat kuat menjalankan tradisi sehingga Islam butuh waktu agar diterima masyarakat. Sunan Muria melakukan akulturasi antara budaya Jawa dan budaya Islam dengan tidak mengurangi nilai luhur dari budaya yang sudah ada.
Sunan Muria wafat pada tahun 1551 Masehi dan dimakamkan di atas puncak Gunung Muria. Makam Sunan Muria berada di bagian utara kompleks yang terdapat dalam bangunan cungkup dengan atap sirap dua tingkat.
Di bagian timurnya terdapat makam dari putri Sunan Muria yang bernama Raden Ayu Nasiki. Sedangkan, pada bagian selatan mihrab terdapat makam dari Panembahan Pengulu Jogodipo, putra Sunan Muria.