Organisasi pramuka yang resmi berdiri pada 14 Agustus 1961 ini adalah hasil peleburan dari berbagai organisasi kepanduan di Indonesia. Selama 13 tahun, Sri Sultan Hamengkubuwono IX menjabat sebagai Ketua Kwartir Nasional dari tahun 1961 hingga 1974.
Sri Sultan Hamengkubuwono IX menjadi pelopor pada sejumlah kegiatan seperti Gerakan Tabungan Pramuka pada 1974, menggagas Wirakarya, perkemahan pertama Pramuka Nasional pada 1968, Tri Satya Pramuka serta Dasa Dharma Pramuka. Selain itu, penetapan warna seragam Pramuka Indonesia yang berwarna coklat muda dan coklat tua yang melambangkan elemen air dan tanah.
Pada 1973, Sri Sultan Hamengkubuwono IX dianugerahi Bronze Wolf Award dari World Organization of the Scout Movement (WOSM). Penghargaan tersebut adalah penghargaan tertinggi untuk mereka yang berjasa besar dalam pengembangan pramuka.