Kedua negara juga memiliki kerja sama penelitian dan pengembangan di bidang pertahanan. Kerja sama yang telah dilaksanakan saat ini antara lain kerja sama penelitian dan pengembangan software defence radio antara Aselsan (Turki) dengan PT Wellracom Megahjaya dan PT LEN (Indonesia).
Lalu ada kerja sama penelitian dan pengembangan IFV-Infantry Fighting Vehicle antara FNSS (Turki) dan PT Pindad (Indosesia). Kedua negara juga memiliki kerja sama untuk peningkatan kapasitas indusri pertahanan.