Menanggapi dugaan kekerasan terhadap santri, dia menegaskan tindakan yang mengarah pada penyiksaan dengan dalih memberikan hukuman (ta'zir) tidak dapat dibenarkan.
"Kalau memang benar itu terjadi, harus diambil tindakan hukum. Tidak boleh hanya diselesaikan secara internal pesantren," kata dia.
Dia juga mengingatkan agar peristiwa yang melibatkan oknum tidak dijadikan dasar untuk menghakimi seluruh pesantren. Menurutnya, pesantren tetap menjadi pilar penting dalam pendidikan karakter dan akhlak bangsa.
Masduki mengimbau seluruh pesantren maupun lembaga pendidikan untuk terus mengedepankan pendekatan pendidikan yang humanis dan bebas dari segala bentuk kekerasan.
"Jangan ada tindakan-tindakan yang dalam konteks mendidik justru berubah menjadi penyiksaan yang berpengaruh kepada batin maupun fisik santri,” kata dia.